胶囊剂在制取全过程中受微生物菌种环境污染的机遇许多，如空囊壳在运送和储放全过程中，在制做添充的全部全过程中，内、外包装盒原材料等都是环境污染微生物菌种。中药材全粉做成胶囊剂环境污染更比较严重，处理方式不正确，经常在储放全过程中就出現內容物成轩或成条索。
GMP胶囊口服制剂洁净车间应遵照“三融洽”标准即人工流产货运物流融洽、生产流程融洽、清洁级別融洽，恰当区划生产制造生产流程。中生产制造地区的清洁差别，按生产流程有效布局，防止生产工艺流程的曲折、来回与人、货运物流交叉式等。
洁净车间软胶囊剂和硬胶囊剂一样能遮盖药品的欠佳味道、降低刺激、避免氧化分解以提升药品的可靠性。软胶囊剂生产制造的全部曝露工艺流程也均应处于三十万级的清洁自然环境中，软胶囊室内温度去湿用的低环境湿度气体的洁净度等级也理应是同一清洁级別。
