1、要充分考虑工作流程、样品的转运和人员流动、各科室区位分布、生物安全因素等。
2、要使无菌室在格局和功能上保持其合理性和适用性、均衡性，充分发挥期应有的作有。
3、无菌室的设计要考虑到是否能否适应未来发展变化的需要的增值性。
4、要注重无菌室设计上的通气性、通风性、恒温恒湿处要求。
5、充分考虑和保证无菌室安全性，满足紧急清除污物垃圾和疏散疏散的出口等建筑规则，针对需要的配备相关安全设备。
6、无菌室在材料和设计上要考虑防潮、耐腐蚀、不掉色、平整、易清洁、不渗水、门窗密闭性和构造牢固性等。
7、无菌室设计上要考虑要便于定期消毒、灭菌的实施和便于各类消杀的用具的摆放等。
8、无菌室设计要充分考虑相关配套设备、电力、电源、水管路、装修的配套性、齐全性，最大化的发挥其应有的功能。